三つ葉の再生栽培初期（切り株から新芽が1〜2cm伸びるまでの数日間）は、植物体内に蓄えられたエネルギーで成長するため、与えるのは「水道水のみ」で十分です。発根が不十分な初期段階で肥料を投入すると、水中の雑菌が繁殖しやすくなるデメリットしかありません。
新芽が展葉し、白い新根が伸びてきたタイミングから液体肥料の投与を開始します。ここで一般的な園芸用置き肥や有機質肥料を使うのは厳禁です。水耕栽培専用の完全無機液体肥料である「ハイポニカ液体肥料」や「微粉ハイポネックス」を選択するのが鉄則となります。これらは水耕栽培に必要なチッソ・リン酸・カリに加え、カルシウムやマグネシウム、微量要素が水溶性の形でバランスよく配合されているため、根腐れを起こしにくく吸収効率が極めて優れています。
投入濃度は、製品の規定希釈率（通常500倍）よりもやや薄めの「700〜1000倍希釈」から始めるのがプロのセオリーです。濃すぎる養液は浸透圧ストレスを生み、葉先の枯れ込み（チップバーン）の原因となります。
日当たりに関しては、三つ葉特有の性質を理解する必要があります。三つ葉は強烈な直射日光に当たると葉が硬くなり、黄色く葉焼けを起こします。室内では「レースのカーテン越しの柔らかい光が入る窓辺」、または「植物育成用LEDライト（または一般的な昼白色デスクライト）を1日8〜10時間照射」する環境が最も適しています。照度にして約2,000〜5,000ルクス程度の柔らかな光環境を整えることで、市販品のように柔らかく香りの高い良質な葉に仕上がります。
