これほど明確な違いがある両者ですが、日本の歴史においては長い間、両者が混ざり合っていました。これが「神仏習合（しんぶつしゅうごう）」と呼ばれる現象です。かつての日本人は、日本の神々は仏が姿を変えて現れたものと考え、お寺の中に神社があり、神社の中にお寺がある状態が普通でした。
この状況を一変させたのが、明治政府が出した「神仏分離令」です。国家神道を確立するために神と仏を明確に区別することが強制され、多くの寺院や仏像が破壊される「廃仏毀釈（はいぶつきしゃく）」の嵐が吹き荒れました。私たちが現在目にする明確な区別は、実は明治以降につくられた比較的新しい制度的境界線なのです。
