茨城県自然博物館の大きな魅力のひとつが、公立施設ならではの極めてリーズナブルな入館料金です。展示内容のクオリティを考えると、首都圏のテーマパークや博物館と比較しても群を抜くコストパフォーマンスを誇ります。
通常期の入館料は一般（大人）540円、高校・大学生340円、小・中学生100円、未就学児は無料です。企画展が開催されている特別展期間中は一般750円程度に変動しますが、それでも大人1人1,000円以下でこれだけの本格展示を楽しめるスポットは極めて貴重といえます。
リピーターや近隣ファミリーにとって見逃せないのが「年間パスポート（友の会）」です。一般の年会費は通常期2,000円台（企画展含むプランでも3,000円程度）と設定されており、年に3回以上来館すれば確実に元が取れる破格の設定となっています。さらに、毎年11月13日の「茨城県民の日」には県内外を問わず全来館者の入館料が無料になるなど、公立ならではの還元施策も充実しています。
