特任教員を巡る議論で最も深刻視されているのが、特任教員 任期と雇い止め問題です。労働契約法第18条では「同一の使用者との間で有期雇用が通算5年を超えて反復更新された場合、労働者の申し込みにより無期転換できる」と規定されています。しかし、大学教員や研究者には「科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律」による特例が適用され、無期転換申込権の発生期間が10年に延長されています。
現場では何が起きているのか。報道各社の調査や大学教職員組合のアンケートによると、この特任教員 無期転換ルールの適用を回避するため、大学側が契約年限に「通算上限5年」や「通算上限10年」という上限枠（キャップ）を就業規則に新設し、期間満了とともに契約更新を拒絶する事例が相次ぎました。
SNSや学術コミュニティでは、「10年間研究プロジェクトに尽力してきたのに、無期転換目前で公募への再応募すら認められず雇い止めされた」「プロジェクトが終われば即座に次の所属先を探さなければならず、研究が寸断される」といった当事者の悲痛な告白が日常的に散見されます。
一部の大学では、6カ月以上の「クーリング期間」を挟むことで通算雇用年数をリセットし、再び有期特任として再雇用する脱法まがいの運用も問題視されています。優れた業績を上げている特任教員であっても、身分の安定が得られないという特任教員 評判と実態の厳しさは、日本の若手研究者の海外流出や博士課程進学者の減少を引き起こす構造要因として指摘されています。
