魅力度ランキングの評価基準は、全国の消費者約3万人を対象としたWEBアンケートにおいて、各自治体に対して「とても魅力的（100点）」「やや魅力的（50点）」「どちらでもない（0点）」「あまり魅力的でない（0点）」「全く魅力的でない（0点）」という配点で算出されます。
この算出ロジックこそが、長年議論を呼んでいる火種です。「あまり魅力的でない」と否定的な回答をしても減点されず、ゼロ点として処理されるため、「熱狂的なファンや強烈な観光イメージを持つ上位県」が圧倒的に有利になり、生活の質やインフラの充実度、子育て環境といった「住み心地」に関する要素はスコアに直結しません。
SNSやネット掲示板では、発表のたびに「またこの季節が来た」「最下位いじりはもう飽きた」といった冷めた反応から、「地元が不当に低評価を受けて悔しい」という住民の憤りまで、多種多様な意見が飛び交います。過去には群馬県知事が調査の信憑性や算定根拠について公の記者会見で強く疑問を呈し、法的措置の検討にまで言及した出来事は、自治体関係者の間にくすぶっていた不満を象徴する出来事でした。
