通常のマウスを操作する際、人間の前腕は手のひらが下を向くように約90度内側にねじれた状態（回内位）を強いられています。この不自然な姿勢を何時間も続けると、手首の腱鞘や手根管、さらには肘から肩にかけての筋肉に過度な緊張が持続し、重篤なマウス腱鞘炎を引き起こす直接の引き金となります。
これに対し、筆記具を自然に構える姿勢で保持するペン型マウスは、前腕が自然な中間位（手のひらが内側を向く角度）を保てるため、手首への物理的ストレスを大幅に遮断できます。腕全体の筋電位測定データを見ても、前腕伸筋群の筋緊張が通常マウス比で平均約35％抑制されることが確認されており、手首を固定したまま指先の微細な屈伸運動だけでポインターをコントロールできる点が大きな強みです。
また、一般的なマウスと異なり、マウスパッドを広々と確保できない新幹線内の折りたたみテーブルやカフェの狭いカウンター席、さらには太ももの上など、わずか数センチ四方のスペースさえあれば正確にポインティングできる機動性の高さも現代のワークスタイルに合致しています。
