駅の券売機に立ち寄ることなく改札を通過できるサービスですが、利用する列車が「新幹線」か「在来線特急（あずさ、ひたち、成田エクスプレス、踊り子など）」かによって、乗車システムは二分されます。この構造をあらかじめ頭に入れておかないと、駅の改札口で思わぬトラブルに見舞われることになります。
まず、東北・北海道、上越、北陸、山形、秋田の各新幹線で提供されているのが「新幹線eチケット」です。このサービスは新幹線の特急料金と目的地までの乗車券がセットになっており、事前に登録した交通系ICカードを自動改札機にタッチするだけで乗車できます。完全に「えきねっとチケットレス発券不要」の設計となっており、窓口に立ち寄る理由は一切ありません。
一方、中央線特急「あずさ・かいじ」や常磐線特急「ひたち・ときわ」などで利用する「在来線チケットレス特急券」は、あくまで「指定席特急券」のみをデジタル化したものです。したがって、運賃に相当する「乗車券」は含まれていません。この仕組みの違いこそが、現場で多くの利用者が改札機に弾かれる最大の原因です。
