実際に計算を突き合わせた結果、どうしても控除額が合わない、あるいは1円も引かれていないケースも存在します。その背景には、主に4つの典型的なミスが潜んでいます。
1. 確定申告によってワンストップ特例が無効化された
最も頻発するトラブルです。ワンストップ特例の申請書を各自治体に送っていたとしても、後から医療費控除や住宅ローン初年度控除、副業所得などで確定申告を提出すると、ワンストップ特例の効力は法律上すべて無効になります。確定申告書側の「寄附金控除」欄にふるさと納税の金額を再入力していなかった場合、控除が完全に消滅してしまいます。
2. ワンストップ申請書の提出期限（1月10日）に遅れた
寄附翌年の1月10日必着（オンライン申請の場合は同日中の完了）に間に合わなかった自治体分は、住民税の自動控除ラインに乗りません。未提出分を反映させるには、確定申告でのリカバリーが必須でした。
3. 自身の控除限度額をオーバーして寄附していた
年収や家族構成によって決まる「寄附金控除限度額」の上限を超えて寄附した場合、上限を超過した金額は純粋な寄附（持ち出し）となり、2,000円を超えた自己負担が発生します。
4. 名義の不一致や申告情報の不備
ポータルサイトで決済した名義（クレジットカード名義等）と、寄附者として登録した住民票上の氏名・住所が異なっていた場合、自治体側で本人照会ができず処理が保留されているケースがあります。
