一方で、同紙の論調や報道姿勢に対しては、日本国内および米本国において根強い批判と議論が存在します。検索クエリでも関心が高いThe New York Times 偏向報道という指摘の背景には、米国の政治的二極化と、同紙が伝統的に掲げる明確なリベラル（プログレッシブ）寄りのスタンスがあります。
米大統領選や社会的分断を巡る報道において、保守派からは「左派的なアジェンダに偏りすぎている」との批判が絶えません。この論調の偏りは、ニューヨークタイムズ 日本 報道においても特有のフィルターとして作用することがあります。同紙が東京支局などを通じて発信する日本のニュースは、ジェンダーギャップ、少子高齢化、労働環境、伝統的家族観、あるいは政治資金問題など、構造的な課題を鋭く抉り出す質の高い分析記事が多い反面、欧米リベラル社会の価値観を絶対的な基準とした「遅れた日本」というステレオタイプな文脈で描かれやすい側面も否定できません。取材対象の選定や引用の偏りが国内SNSで炎上を招くケースも散見されます。
また、出版業界に絶大な権威を持つニューヨークタイムズ ベストセラーリストについても、知られざる内幕があります。このリストは単なる全国書店の純粋な販売部数ランキングではなく、独自に選定した書店群のサンプル調査と編集部の裁量を加味した「独自加重アルゴリズム」に基づいて作成されています。そのため、組織的な大量買い付け（バルクバイ）を排除する健全性がある一方で、選定基準の不透明さが法廷闘争に発展した歴史もあり、「絶対的客観指標」ではなく「NYTの価値基準が反映された選書リスト」として受け止めるのが業界のリテラシーです。
