館内に足を踏み入れると、まず目を奪われるのが1階から2階へと広がるスケール感豊かな展示フロアです。熊本博物館の見どころとして筆頭に挙げられるのが、太古の熊本に生息していた巨大生物たちの化石展示。エントランス近くで堂々たる威容を誇るステゴドン（古代ゾウ）の全身骨格レプリカをはじめ、肉食恐竜アロサウルスなどの恐竜・化石コレクションは子どもから大人まで一瞬で冒険の世界へと引き込みます。
熊本県内で発見された貴重なアンモナイトや白亜紀の化石標本も充実しており、阿蘇の火山活動がもたらした複雑な地層や地下水システムの解説は、まさに「水の国・くまもと」の根源を解き明かす内容となっています。地質学的なアプローチだけでなく、加藤清正による築城や西南戦争の激戦地となった歴史的背景を物語る実物資料、旧石器時代から近現代に至る民俗資料まで網羅。自然史と人文史がひとつの建物の中で有機的につながり、熊本のダイナミズムを立体的に学べる構成が見事です。
