寺社巡りブームが定着する中で、SNSや知恵袋などで頻繁に議論されるのが「御朱印帳は神社とお寺で分けるべきか」という問題です。
結論から述べると、「1冊にまとめても教義上直ちに無効になるわけではないが、トラブル回避と美観・敬意の観点から分けるのが圧倒的に賢明」です。
明治以前の日本には、神と仏は同根であるとする「神仏習合（しんぶつしゅうごう）」が千年以上続いていました。日本の神々は仏が人々を救うために仮の姿で現れたもの（本地垂迹説）とされ、寺院の中に神社があり、神社の中に別当寺（神宮寺）が存在するのが日常の光景でした。そのため、歴史的ルーツから見れば神仏の混在自体は不自然ではありません。
しかし、明治元年（1868年）に明治政府が発令した「神仏分離令（神仏判然令）」とそれに伴う廃仏毀釈の嵐によって、神社と寺院は厳格に分離されました。現代の社寺現場において、極めて稀ではあるものの、厳格な教義を持つ一部の神社や寺院（特に日蓮宗や浄土真宗の一部の寺院、格式を重んじる古社など）では、「神仏が混ざった御朱印帳への記帳を断られる事例」が実際に報告されています。
旅先で大切な朱印を断られて気まずい思いをしないためにも、神社用と寺院用で御朱印帳を2冊に分けて運用するのが最も安全かつスマートな作法です。
