短足猫を飼育する上で最も多くの人が不安を抱くのが「骨の病気」や「寿命の長さ」です。犬のダックスフントやコーギーのように、短足胴長の体型は椎間板ヘルニアを起こしやすいのではないかと懸念されがちですが、獣医学的な構造には明確な差異があります。
日本獣医学界や大手ペット保険会社の臨床データによると、短足猫の平均寿命は12〜15歳であり、一般的な混血猫や他品種の家猫の平均寿命（14〜15歳前後）と比較して顕著な短命傾向は確認されていません。猫の脊椎は犬に比べて柔軟性に富んでおり、椎間板への衝撃を分散する構造を備えているため、ダックスフントのような高頻度の椎間板ヘルニア発症率は示さないことが報告されています。
しかし、全くリスクが存在しないわけではありません。警戒すべき主要な健康課題は以下の3点に集約されます。
第1に「変形性関節症と肘・股関節の過負荷」です。手足が短い分、高い場所からの飛び降り時に手足の関節へダイレクトに体重がかかります。第2に「肥満による骨格負担の倍増」です。短足猫は腹部と床の距離が近いため、わずかな体重増加でも重心が崩れ、腰椎や四肢へのストレスが激増します。そして第3に、稀に見られる「胸郭形成不全（漏斗胸）」です。胸腔が扁平になり心臓や肺を圧迫する先天性疾患であり、子猫期の健康診断での早期発見が極めて重要視されます。
