付属校を選ぶ最大のメリットである東海大諏訪の内部進学と推薦枠ですが、卒業生の約60〜70%が付属推薦制度を利用して東海大学の各学部へ進学しています。全国に展開する東海大学グループ共通の「学園基礎学力定着度試験」などの成績や高校3年間の評定平均をもとに希望学部が決定されるため、日々の定期考査や小テストの積み重ねが重要です。
医学部やパイロットを養成する航空宇宙学科、海洋学部など、全国的にも競争率の高い人気学部・学科への推薦枠も割り当てられており、高校入学直後から明確な目標を持って学習に励む生徒も少なくありません。一方で、内部推薦の権利を保持したまま国公立大学を受験できる制度を活用し、信州大学などの地元国公立や私立難関校へ挑む理数科生徒の実績も年々伸びています。